Скачиваем бесплатный редактор видео VirtualDub Открываем им наш видеофайл
жмём Video > фильтры
там кнопку Add и выбираем logo
Выбираем файл с лого жмём "enable per-pixel alpha...", и снимаем галочку "pre multipled alpha..." Выбираем в разделе Justification расположение. Допустим, это будет левый верхний угол. Ползунок Opacity отвечает за прозрачность лого в целом. За отступ от краёв отвечают параметры X\Y offset
Жмём Show Preview, что бы убедиться, что мы всё сделали правильно.
ок ок ок жмём Video > compression и выбираем кодек без этого видеофайл будет сохранён без сжатия!